会阴部尿道瘘：这种瘘管是尿道球部与皮肤相通，常在泌尿生殖三角区内，排尿时尿由瘘口内流出。

　　先赋性瘘：由骶尾部囊肿化脓割裂形成，原发外口常在臀沟中点，尾骨尖四周。瘘内可见毛发，由胚胎发生。

　　骶尾部瘘：常由臀部损伤，如冲击、脚踢和擦伤引起，在骶尾部形成脓肿，从而形成瘘管。

　　肛门四周化脓性汗腺炎 这是最易被误诊为肛瘘的肛门四周皮肤病，因其首要特征是肛周有脓肿形成和遗留窦道。窦道处常有隆起和脓液，有多个外口，故易误诊为多发性肛瘘或复杂性肛瘘。分辩要点是肛周化脓性汗腺炎的病变在皮肤及皮下组织，病变规模普遍，可有无数窦道启齿，呈结节状或满盈性，但窦道均浅，不与直肠相通，切开窦道后无脓液和瘘管，亦无内口。Wiltz报道43例肛周化脓性汗腺炎，35例初诊为肛瘘、藏毛囊肿、窦道和肛管脓肿，确诊前多有6年以上病史。

　　骨盆骨髓炎 　　

骨盆化脓性或结核性病变引起的骨盆骨髓炎，常在会阴部发生窦道，与肛瘘的外口极为相似。但前者无内口，X线片显示骨盆有病变。

　　骶骨前瘘 　

　由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨四周穿破形成，瘘管位于骶骨凹内，外口常位于尾骨尖两侧，探针可探入8～10cm，瘘管与直肠平行。

　　骶尾部骨结核

　　发病迟缓，无红肿热痛等急性炎症转变，破溃河流前途薄脓液，外口较大，边缘不整洁，且经久不愈。X线片显示骶尾骨有骨质损害和结核病灶。

　　骶尾部畸胎瘤

　　破溃后可形成尾骨前瘘或直肠内瘘。大型畸胎瘤可凸起骶尾部，轻易诊断；小型无症状的肿瘤，可在直肠后方扪及滑腻、有分叶的肿块。X线片可见骶骨和直肠之间有肿块，内有不定形的散在钙化暗影，可见骨质或牙。

　　晚期肛管直肠癌

　　破溃后可形成肛瘘，特点是肿块坚硬，渗出物为脓血，恶臭。病理切片可确诊。